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■バグ
  • 《暗黒のマンティコア》がフィールドから墓地に送られた場合しか効果が発動しない。
  • 《見習い魔術師》の効果が《異次元の戦士》《異次元の女戦士》の効果で除外されると発動しない。
  • 《サブマリンロイド》で相手フィールドにモンスターがいない時に直接攻撃した場合、守備表示に表示変更できない。
  • 《D-HERO ダイヤモンドガイ》の効果でデッキに戻るカードが表向きのまま戻る。
  • 《マシンナーズ・ソルジャー》は本来地属性のはずが、風属性になっている。
  • 《雷電娘々》が相手の《サイバーポッド》に攻撃して《サイバーポッド》の効果が発動した場合、《サイバーポッド》の効果で光属性以外のモンスターが自分フィールド上に表側表示で特殊召喚されると、攻撃宣言した《雷電娘々》が元々いた位置に特殊召喚されたモンスターカードが破壊される。
  • 《第一の棺》がフィールドから離れても《第二の棺》がそのままフィールド上に残る。
  • 《テールスイング》で3体以上手札に戻せる。
  • 《沈黙の邪悪霊》で強制攻撃させられたモンスターがまだ攻撃していなかった場合、もう1回攻撃できる。
  • 自分メインフェイズ以外にも《大革命》を発動できる。
  • タッグデュエルのみ。自分が《D-HERO ダイヤモンドガイ》の効果を使い《終焉のカウントダウン》を墓地に送った場合、次のパートナーのターンでパートナーが《終焉のカウントダウン》の効果を発動するとフリーズする。リセットするしかない。
  • CPU戦のみ。自分の「罠の効果を受けないモンスター」がCPUモンスターに攻撃し、CPUが《アストラルバリア》を発動するとループになる。リセットするしかない。
  • ポリゴンキャラがカードを使用する時、演出時にカードの面が裏の場合がある。ロードが不完全なだけなので心配なし。
  • 「大会前日へ」コマンドのバグ
大会前日に「大会前日へ」コマンドを使うとまた大会前日の朝に戻れる
ちなみにファラオを連れている状態で朝に戻しても後ろにいたままとなる
これを利用すれば延々とキャラの信頼度を上げることが可能だが
日にちを戻しても新たな会話に進むことができないので特に意味はない
  • 《裁きを下す者-ボルテニス》を効果で出した際に、天使族を生贄にしていても相手カードを破壊できないときがある。また、効果を使用するか聞かれる際に、名前が《冥王竜ヴァンダルギオン》になっている。
  • たまに「攻撃」のコマンドが出ないことがある。「詳細表示」をして×ボタンで戻ればきちんと攻撃できる。
  • 《酔いどれタイガー》が自分の裏側リバース効果モンスターに攻撃しようとするのを、メインフェイズ終了時の《和睦の使者》で阻止した場合(攻撃宣言自体されていない場合)、以後そのリバース効果モンスターを反転召喚しても無効化される。
  • ダメージステップ(≠ダメージ計算直前)のクイックエフェクトが一度しか発動できない。
ダメージステップに発動した《鎖付き爆弾》が《誤作動》で無効化された際、再度発動できなかった。
  • 《同族感染ウィルス》の効果を発動した後、カード表示の右側の方に選択した種族のアイコンが残る。デュエルを進める上では問題なし。
  • セブンスターズを倒すとパートナーだったキャラも一緒にその場から消えるが、アムナエルを倒した場合隣にいる遊城十代だけその場に残る。話しかけても反応はないまま。
  • 第二部と第三部では、一定回数デュエルを行うと消えたNPCが全て復活する。第三部ではその復活の際に全てのセブンスターズが出現するため、カミューラとだけ戦い、極力タッグデュエルを行わずにクリアすることが出来る。