以下はアニメ放映開始から現在までのアニメオリジナル回のまとめです(最終更新2011/02/19)。
アシスタントコミックからのアニメ化分(86話,113話)、
JR西日本タイアップツアー放映分(236話,237話,255話,256話,299話,300話,342話,377話,378話,419話,420話,518話,519話,554話,555話,594話,595話)もオリジナルとして扱っています。
前編後編はそれぞれ一話としてカウントしています。
1996年・14話
006話 バレンタイン殺人事件
014話 謎のメッセージ狙撃事件
017話 デパートジャック事件
019話 エレベーター殺人事件
021話 TVドラマロケ殺人事件
024話 謎の美女記憶喪失事件
025話 偽りの身代金誘拐事件
026話 愛犬ジョン殺人事件
029話 コンピューター殺人事件
030話 アリバイ殺人事件
033話 探偵団サバイバル事件
036話 月曜夜7時30分殺人事件
037話 サボテンの花殺人事件
041話 優勝旗切り裂き事件
1997年・20話累計34話
044話 堀田三兄弟殺人事件
045話 顔パック殺人事件
047話 スポーツクラブ殺人事件
051話 ゴルフ練習場殺人事件
053話 謎の凶器殺人事件
055話 列車トリック殺人事件
056話 おじゃマンボウ殺人事件
059話 はじめてのお使い殺人事件
061話 幽霊船殺人事件 前編
062話 幽霊船殺人事件 後編
064話 第3の指紋殺人事件
065話 カニとクジラ誘拐事件
066話 暗闇の道殺人事件
067話 舞台女優殺人事件
071話 ストーカー殺人事件
073話 少年探偵団遭難事件
074話 死神陣内殺人事件
079話 銀行強盗殺人事件
080話 放浪画家殺人事件
083話 総合病院殺人事件
1998年・25話累計59話
086話 誘拐現場特定事件 ※アシスタントコミック1巻からのアニメ化
087話 鶴の恩返し殺人事件
088話 ドラキュラ荘殺人事件 前編
089話 ドラキュラ荘殺人事件 後編
090話 花の香り殺人事件
092話 恐怖のトラヴァース殺人事件 前編
093話 恐怖のトラヴァース殺人事件 後編
094話 雪女伝説殺人事件
095話 小五郎のデート殺人事件
097話 別れのワイン殺人事件
106話 スクープ写真殺人事件
107話 モグラ聖人謎の事件 前編
108話 モグラ聖人謎の事件 後編
109話 探偵団大追跡事件
110話 料理教室殺人事件 前編
112話 料理教室殺人事件 後編
113話 白い砂浜殺人事件 ※アシスタントコミック1巻からのアニメ化
119話 仮面ヤイバー殺人事件
120話 ハニーカクテル殺人事件
123話 お天気お姉さん誘拐事件
124話 謎の狙撃者殺人事件 前編
125話 謎の狙撃者殺人事件 後編
126話 旅芝居一座殺人事件 前編
127話 旅芝居一座殺人事件 後編
128話 黒の組織10億円強奪事件
1999年・15話累計74話
135話 消えた凶器殺人事件
140話 SOS! 歩美からのメッセージ
143話 疑惑の天体観測
148話 路面電車急停止事件
149話 遊園地パンジー事件
150話 自動車爆破事件の真相 前編
151話 自動車爆破事件の真相 後編
152話 謎の老人失踪事件
155話 水中の鍵密室事件
158話 沈黙の環状線
159話 怪奇五重塔伝説 前編
160話 怪奇五重塔伝説 後編
161話 流水亭に流れる殺意
165話 少年探偵団消失事件
169話 ビーナスのキッス
2000年・25話累計99話
175話 4回殺された男
179話 喫茶店トラック乱入事件
180話 赤い殺意の夜想曲(ノクターン) 前編
181話 赤い殺意の夜想曲(ノクターン) 後編
182話 大捜索 9つのドア
183話 危険なレシピ
184話 呪いの仮面は冷たく笑う
185話 殺された名探偵 前編
186話 殺された名探偵 後編
187話 闇に響く謎の銃声
196話 見えない凶器 蘭の初推理
197話 スーパーカーの罠 前編
198話 スーパーカーの罠 後編
201話 10人目の乗客 前編
202話 10人目の乗客 後編
203話 黒いイカロスの罠 前編
204話 黒いイカロスの罠 後編
207話 見事すぎた名推理
208話 迷宮への入り口 巨大神像の怒り
209話 龍神山転落事件
210話 五彩伝説の水御殿 前編
211話 五彩伝説の水御殿 後編
214話 レトロルームの謎事件
215話 ベイ・オブ・ザ・ブリッジ 前編
216話 ベイ・オブ・ザ・ブリッジ 後編
2001年・15話累計114話
225話 商売繁盛の秘密
232話 マンション転落事件
235話 密室のワインセラー
236話 南紀白浜ミステリツアー 前編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
237話 南紀白浜ミステリツアー 後編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
245話 ヒマワリ館の銃声
248話 癒しの森のアリバイ
251話 OK牧場の悲劇
252話 絵の中の誘拐犯
255話 松江玉造連句14番勝負 前編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
256話 松江玉造連句14番勝負 後編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
257話 世にも奇妙な天罰
260話 揺れるレストラン
261話 雪の夜の恐怖伝説 前編
262話 雪の夜の恐怖伝説 後編
2002年・15話累計129話
264話 法廷の対決 妃vs毛利小五郎 前編
265話 法廷の対決 妃vs毛利小五郎 後編
273話 クイズ婆さんの失踪事件
276話 警察手帳紛失事件
281話 小さな目撃者達
282話 水流るる石庭の怪 前編
283話 水流るる石庭の怪 後編
294話 愛と決断のスマッシュ 前編
295話 愛と決断のスマッシュ 後編
296話 屋形船 釣りショック
297話 法廷の対決II 妃VS九条 前編
298話 法廷の対決II 妃VS九条 後編
299話 友情と殺意の関門海峡 前編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
300話 友情と殺意の関門海峡 後編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
303話 戻ってきた被害者
2003年・10話累計139話
314話 壊れた柵の展望台
315話 陽のあたる場所
318話 幸運のシガーケース 前編
319話 幸運のシガーケース 後編
320話 忍法アリバイ工作の術
321話 消えた誘拐逃走車 前編
322話 消えた誘拐逃走車 後編
328話 バースデー・ワインの謎
337話 転落事件の裏事情
342話 ハウステンボスの花嫁 ※JR西日本タイアップツアー放映分
2004年・18話累計157話
348話 愛と幽霊と地球遺産 前編
349話 愛と幽霊と地球遺産 後編
352話 フィッシング大会の悲劇 前編
353話 フィッシング大会の悲劇 後編
357話 恋人は春のまぼろし
360話 不思議な春のかぶと虫
363話 都会のカラス
364話 シンクロにシティ事件 前編
365話 シンクロにシティ事件 後編
368話 魔女の棲むお菓子の家
369話 ツイてる男のサスペンス
370話 逃げ回るゲームソフト
373話 猛毒蜘蛛の罠
376話 タイムリミットは15時!
377話 桃太郎謎解きツアー 前編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
378話 桃太郎謎解きツアー 後編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
379話 秘湯雪闇振袖事件 前編
380話 秘湯雪闇振袖事件 後編
2005年・18話累計175話
384話 標的は毛利小五郎
388話 薩摩に酔う小五郎 前編
389話 薩摩に酔う小五郎 後編
392話 謎めく身長差20cm
393話 誘拐...らしい事件
397話 辛く苦く甘い汁
403話 不思議な天使の館 前編
404話 不思議な天使の館 後編
405話 救急車を呼びにいった男
409話 同時進行舞台と誘拐 前編
410話 同時進行舞台と誘拐 後編
413話 完全半分犯罪の謎
414話 青い鳥を追う探偵団
418話 米花町グルニエの家
419話 八岐大蛇の剣 前編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
420話 八岐大蛇の剣 後編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
423話 探偵団と青虫4兄弟
424話 ピエロからの写真メール
2006年・14話累計189話
426話 蘭へのラブレター
433話 コナン変な子
434話 名犬クールのお手柄
437話 上戸彩と新一 4年前の約束
439話 そして誰もいなくなればいい
440話 極限のカースタント
441話 最期のアーン
442話 鉄骨に阻まれた男
448話 目黒の秋刀魚事件
450話 トリックVSマジック 前編
451話 トリックVSマジック 後編
452話 こんぴら座の怪人
456話 俺が愛したミステリー
459話 怪人ガチガチ規則男
2007年・9話累計198話
461話 消えた1ページ
468話 池のほとりの怪事件
471話 レンタカー制御不能!
475話 悪運グランプリ
478話 リアル30ミニッツ
480話 黄色い不在証明
483話 消えたお巡りさん
486話 右から左へ招き猫
489話 法廷の対決III 目撃者は検察官
2008年・4話累計202話
512話 砕けたホロスコープ
518話 明治維新ミステリーツアー 探索編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
519話 明治維新ミステリーツアー 解読編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
520話 ワインレッドの告発
2009年・12話累計214話
527話 仮面劇に秘めた悪意
536話 消えた名画の秘密
539話 愚か者への遺産
540話 毛利小五郎探偵廃業の日 前編
541話 毛利小五郎探偵廃業の日 後編
544話 不協和音を奏でる手
547話 犯人との二日間 一日目
548話 犯人との二日間 二日目
553話 ザ・取調室
554話 こうのとりミステリーツアー 蘭捜索編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
555話 こうのとりミステリーツアー 陽菜追跡編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
556話 恐怖の交差点
2010年・13話累計227話
562話 虹色の誘拐
565話 見てない目撃者
566話 相棒はサンタさん
567話 露天風呂に降る殺意
570話 立証確率ゼロの犯罪
577話 ホタルが灯した真実
582話 ゾンビが死んだ夜
588話 屋上農園の罠
591話 水族館のある家
594話 広島宮島七不思議ツアー 宮島編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
595話 広島宮島七不思議ツアー 広島編 ※JR西日本タイアップツアー放映分
596話 転落のアリバイ
599話 セイギノミカタ
2011年・6話累計233話
602話 テニスコートに潜む悪魔
603話 降霊会W密室事件 第一の密室
604話 降霊会W密室事件 第二の密室
605話 降霊会W密室事件 密室解放
606話 法廷の対決IV 裁判員小林澄子 前編
607話 法廷の対決IV 裁判員小林澄子 後編
最終更新：2011年03月28日 23:00
